От прилета до фактического вылета. Надо не забывать время на регистрацию, и учитывать, что регистрация заканчивается примерно за час до вылета. Но если стыковка в пределах одного "билета", то у Вас уже скорее всего будет регистрация на второй рейс, это называется транзит. Если транзит, то чаще всего не надо проходить визовый и паспортный контроль в перевалочном пункте, а багаж загрузят на ваш следующий рейс автоматически. Но надо смотреть на правила конкретного аэропорта, или узнать в турагентстве (если через него).
Если транзит, то будет регистрация на оба самолета в начальном месте вылета, но паспортный контроль придется проходить. Например, летали в Австрию в грац через вену. Пересадка была 35 минут, не успели на внутренний рейс по причине прохождения контроля и досмотра в Вене, так как летели в шенген из нешенгена. Обратно успели. Хотя тут все зависит от страны вылета и прилета, а также страны пересадки.
Именно, при транзите через Бангкок, например контроль можно проходить в аэропорту конечного назначения (Сурат Тхани, Краби, Самуи и т.д.), потому и написал, что надо смотреть конкретный случай.
Скорее всего, будет регистрация в Москве, но 40 минут это реально мало, так как по прилету придется проходить паспортный контроль, скорее всего. А если будете лететь в конце салона, то просто не успеете по причине большого количества пассажиров. Я бы брал с пересадкой не менее 1 часа, чтобы быть спокойным.
Наиболее точный ответ вам в справочной эйр Берлина подскажут.
Ну т.е. получается - тогда нужен немецкий Шенген?
Да никак, мы тупо ждали на выдаче, когда прилетели в место назначения.