Небольшое резюме
Проблема не новая, но судя по всему количество таких случаев будет множится...
Phoenix практически все правильно описал. Налицо наличие ДВУХ комплектов ВЕРНЫХ документов. В подобном случае по правоприменимости есть лишь выхода:
1.Один из органов выдавших незаконно документ признает свою неправоту, на основании чего восстанавливается состояние сделки на тот или иной момент.
2.Суд вынесет решение, поскольку имеет место факт мошенничества, то суд не мировой, а федеральный.
Теоретически есть еще один вариант, это иск "о признании права собственности". В отношении жилья обычно такое проходит, так же как и при покупке например машины с перебитыми (как оказалось после покупки) номерами. НО! Это все случаи, когда отсутствует конфликт интересов. А здесь он есть, и кроме того есть факт мошенничества со стороны продавца (это практически достоверно) или банка+продавца (что еще будет нужно доказать). Боюсь что без уголовного процесса вопрос не имеет решения...