Суть не в этом. При сквозном шифровании каждый чат зашифрован ключами генерирующимися на устройствах где происходит создание чата (не важно в данный момент, что это телефон, компьютер и т.д.) именно эти два устройства основные, и на них хранятся ключи (в идеале). Но в этом случае другие устройства могут прочитать эти чаты только запросив эти ключи с основного устройства, и если это устройство выключено то эти чаты не смогут прочитаться. То бишь чаты на телефоне отдельно, чаты на компьютере отдельно пока не произойдет обмен ключами. Но простой тест когда при создании чата второе устройство выключено, затем выключается основное, включает второе - наглядно показывает, что ключи получаются не напрямую, а из какого то третьего места.