Когда цель опознана и захвачена, остается запустить один из пяти типов ракет, которыми оснащается С-400. Ракеты предназначены для поражения различных целей на разных высотах, что позволяет "Триумфу" создавать эшелонированную противовоздушную оборону. Изделие 9М96Е, например, способно работать за пределами зоны видимости наземных станций наведения. Это его свойство обеспечивается принципиально новой головкой самонаведения, разработанной - как и весь С-400, - в ЦКБ "Алмаз". Ракета может наводиться на цель и по командам с земли, и самостоятельно, не требуя подсветки радара сопровождения. На все типы ракет возможна установка управляемых боевых частей, обладающих как останавливающим (разрушение конструкции цели), так и нейтрализующим (выведение из строя боезаряда) эффектом. Вероятность поражения такой ракетой баллистических боеголовок и ударных беспилотников возрастает в полтора-два раза.
Все применяемые в С-400 ракеты имеют "холодный старт". Они выбрасываются из пускового контейнера пороховой катапультой, на высоте 30 метров газовые рули поворачивают ракету в сторону цели, после чего включается маршевый двигатель. Это увеличивает дальность полета и снижает ближнюю границу зоны поражения. А благодаря вертикальному старту ЗРК может обстреливать цели в любом направлении без поворота пусковой установки. Кстати, о границах: нижний предел работы ЗРК "Patriot" - 60 метров. Летящие ниже цели американский комплекс пропускает. С-400 сбивает объекты на высоте пяти метров над землей.