Август 1991 года - во время государственного переворота состоялось
неофициальное собрание бойцов "Альфы", на котором они приняли решение не
участвовать в штурме парламента РСФСР. Генерал-майор Виктор Карпухин, командир
группы "А", опроверг версии об участии его подчиненных в событиях в Москве
и Форосе. Он заявил, что "сам лично никаких распоряжений от Крючкова не
получал
и, соответственно не выполнял. Группа работала в обычном
режиме".
К моменту развала СССР насчитывала около 500 офицеров.
(Отделения в Киеве, Минске, Краснодаре, Екатеринбурге, Алма-Ате). На данный
момент в Москве, не считая трех региональных подразделений (Краснодар,
Екатеринбург, Хабаровск), служит около 250 человек.
После распада СССР группа "А" входила в Главное управление
охраны (ГУО) РФ. В числе прочих задач, "А" до 1993 года обеспечивала охрану
Президента РФ.
В 1993 году "Альфа" отказалась штурмовать Белый дом. В августе
1995 года, после того как М. Барсуков возглавил ФСБ РФ, группа "Альфа" была
передана из ведения ГУО РФ в состав Федеральной службы безопасности РФ.
В 1998 году Путин, в бытность директором ФСБ, вспомнил об "Альфе". Он выпустил приказ о "реорганизации управлений "А" и "В". Согласно ему "в целях сокращения дублирующих структур" в "Альфе" и "Вымпеле" расформировывались штабы и управление, а заодно и подразделения обеспечения - снайперы, взрывники, связь. Оставшиеся в одиночестве боевые группы
сводились в "антитеррористический центр" детище Савостьянова, переименованный в
департамент по борьбе с терроризмом. Одновременно
появились сообщения, что в результате реорганизации около трети офицеров спецгрупп "Альфа" и "Вымпел" были вынуждены покинуть службу, поскольку у государства нет средств на содержание высококлассных специалистов по борьбе с терроризмом.