В 1994 г. главным раввином Казахстана стал представитель движения хасидов Хабада И. Э. Кохен (родился в 1972 г.). С 1997 г. начал действовать Еврейский общинный дом, в котором разместились синагога и библиотека.
В 1990–2000-х гг. многие евреи Казахстана уехали в Израиль, США, Канаду, Австралию и другие страны. Так, в Казахстане, согласно переписи 1999 г., проживали 6800 евреев (местные еврейские организации называют более значительное число). В начале 2000-х гг. ведущими еврейскими организациями Казахстана были: Еврейский конгресс Казахстана (ЕКК) и Ассоциация «Мицва». Выходили три еврейские газеты: «Давар», «Шалом», «Мабат». Еврейские общины функционируют в Алматы, Астане, Караганде, Кокештау, Кзыл-Орде, Уральске, Чимкенте, Темиртау, Излучинске, Семипалатинске и в других населенных пунктах. Большую помощь еврейскому населению оказывает Джойнт, поддерживающий в различных городах Казахстана благотворительные центры «Хесед».
В 2002 г. президент Еврейского конгресса Казахстана, президент Евразийской промышленной ассоциации, председатель Совета директоров Евразийского банка А. Машкевич) на учредительном съезде Евроазиатского еврейского конгресса (ЕАЕК) в Москве был избран его президентом. Штаб-квартира ЕАЕК находится в Казахстане. ЕАЕК играет большую роль в развитии иудейско-исламского диалога, в поисках путей улучшения отношений между евреями и мусульманами. Этой цели была посвящена Первая международная конференция мира и согласия, созванная по инициативе президента Казахстана Н. Назарбаева 13–16 февраля 2003 г., в которой участвовали президенты Таджикистана, Киргизстана, министры иностранных дел Азербайджана, Афганистана, Турции, руководители ряда международных еврейских организаций.
В сентябре 2004 г. в Астане была открыта крупнейшая в Центральной Азии синагога «Бейт Рахель—Хабад Любавич», названная в честь матери А. Машкевича (на средства возглавляемой им организации ЕАЕК и ЕКК эта синагога была построена).
12–13 ноября 2002 г. ЕАЕК и «Мицва» организовали в Алматы международную конференцию «Из истории евреев в Казахстане». 1–2 мая 2004 г. прошла Вторая международная конференция «Евреи в Казахстане. История, религия, культура».
Дипломатические отношения между Республикой Казахстан и Государством Израиль были установлены 10 мая 1992 г. Посольство Израиля в Казахстане функционирует с августа 1992 г., посольство Казахстана в Израиле — с мая 1996 г. В декабре 1995 г. и в апреле 2000 г. президент Казахстана Н. Назарбаев посетил Израиль с однодневным визитом. Были подписаны различные соглашения об укреплении двусторонних связей. В 2003 г. израильский экспорт в Казахстан равнялся 28,2 миллиона долларов, а импорт из Казахстана в Израиль — 1,1 миллиона долларов, в 2004 г. объем взаимной торговли составлял 300 миллионов долларов.