По поводу дефрагментации.
Полную дефрагментацию надо сделать всего один раз. После чего поставить дефрагментатор, который умеет работать в фоне по расписанию.
У меня комп пашет 7/24 в соседней комнате, двери открыты - шума не слышно, разве только аська среди ночи заорет
Соответственно дефраг включается часа в два или три ночи - устроенную за сутки фрагментацию устраняет быстро.
Что касается размера раздела, то для скорости дефрагментации основное значение имеет свободное место в разделе. А перекидывать отдельные папки в другие разделы, чтобы освободить место для дефрага, гемор гораздо больший, нежели один раз запустить полный дефраг и уйти заниматься своими делами. На крайняк запустить дефраг утром и уйти на работу - вечером все будег готово. С несколькими разделами придется дефрагментировать каждый раздел отдельно, да еще туда-сюда папки кидать, которые в результате скорее всего останутся не фрагментированными.
Что касается поиска, проще найти нужную папку в одном разделе, чем искать ее по каждому разделу по-очереди, пока наконец не найдешь. Разбивка на разделы, как я уже говорил, может привести к ситуации, когда в одном разделе места уже нет, а в другом навалом, и придется аналогичную папку создавать в другом разделе. В случае с одним разделом такой проблемы не будет.