В мае 1990 года, вскоре после избрания Собчака председателем Ленинградского городского Совета народных депутатов, Путин стал его советником.
С 28 июня 1991 года, после избрания Собчака на пост мэра, — исполняющий обязанности председателя, а с 15 июля — председатель Комитета по внешним связям мэрии Ленинграда (с 16 мая 1992 года — Санкт-Петербурга)
[49]. В круг обязанностей Путина на посту руководителя комитета входили вопросы привлечения инвестиций в Петербург, сотрудничества с иностранными компаниями, организации совместных предприятий, а также развитие туризма и контроль над игорным бизнесом
[50]. Путин был куратором организации первой валютной биржи в Санкт-Петербурге и способствовал приходу в город нескольких крупных немецких фирм. При его участии был открыт один из первых банков с зарубежным капиталом в России — BNP-Drezdner Bank (Rossija)
[51].
Помимо комитета по внешним связям, Путин руководил комиссией мэрии по оперативным вопросам
[48].
В 1992 году депутатской рабочей группой Ленсовета во главе с
Мариной Салье и
Юрием Гладковым (так называемой «комиссией Салье») против руководителя комитета по внешнеэкономическим связям Путина было выдвинуто обвинение в махинациях в связи с программой снабжения Санкт-Петербурга продовольствием в обмен на сырьё
[57][58][59]. Впоследствии, уже исполняя обязанности президента, Путин признал, что продовольствие было поставлено не в полном объёме, однако утверждал, что «в уголовном порядке преследовать было не за что и некого», а расследования комиссия Салье в действительности не проводила
[60]. По мнению Путина, этот скандал часть депутатов Ленсовета пыталась использовать для воздействия на Собчака, чтобы тот его уволил
[60].
С 1993 года Собчак на время своих зарубежных поездок стал оставлять Путина заместителем вместо себя
[51].
В марте
1994 года Путин был назначен первым заместителем председателя правительства Санкт-Петербурга, сохранив за собой должность руководителя комитета по внешним связям
[51]. В обязанности Путина как зампреда петербургского правительства входили координация работы и взаимодействие мэрии с территориальными органами силовых и правоохранительных ведомств (ГУВД, Минобороны России, ФСБ России, прокуратура, суды, Таможенный комитет), а также политическими и общественными организациями. В ведении Путина находились регистрационная палата, а также управления мэрии: юстиции, по связям с общественностью, административных органов, гостиниц.
В
1995 году Путин возглавлял региональное отделение партии «
Наш дом — Россия»
[61].
В 1992—1996 годах Путин в числе «реформистски настроенных политических активистов» проходил
тренинг по программе американского Национального демократического института международных отношений (
англ. National Democratic Institute for International Affairs, NDI)
[62].
Летом
1996 года Собчак покинул пост мэра, проиграв выборы, после чего работа Путина в мэрии Санкт-Петербурга закончилась.
Впоследствии многие из тех, кто вместе с Путиным работал в мэрии Санкт-Петербурга (
И. И. Сечин,
Д. А. Медведев,
В. А. Зубков,
А. Л. Кудрин,
А. Б. Миллер,
Г. О. Греф,
Д. Н. Козак,
В. П. Иванов,
С. Е. Нарышкин,
В. Л. Мутко и др.), в 2000-е годы заняли ответственные посты в правительстве России, администрации президента России и руководстве государственных компаний
[63][64].