Все верно пишут, в идеале бы вам указать 2 млн. Если бы не ипотека. И покупатель по полной свой вычет получит, и вам с 400 оставшихся сумма налога не такая страшная.
А так да, если "покупочный" вычет еще не использовали - укажете это все в декларации в след году, и платить ничего не придется. Главное, при покупке указывайте настоящую стоимость, или хотя бы 2 млн)))) А то может там тоже менее 3 лет, и продавец тоже захочет указывать миллион...