Как уже неоднократно писалось, формат "Red Book", он же — обычный CD диск, не умеет индексировать аудио дорожки. Как следствие, привод не может обратиться к конкретному байту трека, ибо там просто нет такого понятия. Соответственно, всяческие Неры, АудиоГрабберы и т.д. ошибки не понимают как класс, поэтому при сколь-нибудь глубокой царапине будут у вас в результе щелчки, примерно как на виниле старом. EAC, он же ExactAudioCopy читает дважды и при расхождении результатов перечитывает область до 82 раз, пытаясь таки вытащить верный результат. Впоследствие, контрольную сумму трека можно сравнить с той, что хранится в свободной БД в сети. То есть, если кто-то до вас уже такой диск копировал и свой результат в БД занёс, то можно сравнить, сошлись ли результаты.
Эта же программа, помимо корректного чтения, умеет сразу и жать во всяческие там MP3, но предназначена, естественно, для lossless, то есть wav, flac, ape.
Короче, если результат не важен, то жать в MP3 можно чем угодно, результат будет одинаково херовым. Если же требуется сохранить диск для коллекции — EAC однозначно, и жать во flac или ape, будет прямая копия.